「パイプを使って……いろんな場所に張り巡らされてそうで、
　対策難しそう。」

ごん
「でも、ようやく突き止めたと思ったら別の問題……
　大丈夫かな？」

「どうだろ。
　それにしても、ロックハートェ……」

ごん
「これは酷い……能力不足ってレベルじゃないひどさ……
　よく今まで成功してきたねって疑うレベル……」

「でも、ここで真のボスが登場か。
　しかし、なんていうかいろんな方法あるんだなって思う」

ごん
「日記が本体……
　しかし、まさかトムがヴォルデモートだったなんて……
　大丈夫かな？やばそう。」

空飛ぶ車のお陰で生還したハリーとロンは、石化したままのハーマイオニーを見舞う。
その際、ハーマイオニーがヘビのバジリスクについて書かれた本のページを手に持っていることに気づいたハリーは、生徒たちを石化させた犯人はバジリスクであり、バジリスクがパイプを使って移動していること、50年前に殺された少女は嘆きのマートルであると気づく。
そのタイミングで、先生たちを呼び出す館内放送が流れる。先生たちの会話を盗み聞きしたハリーとロンは、ロンの妹ジニーが連れ去られたことを知る。

ラムネ
「これも、ダイイングメッセージ？」

ミミ
「流石はハーマイオニー、抜け目ないですね。
バジリスクと言えば、何処でも強力な魔物として出てきますよね？　確かに蛇ですから、スリザリンにピッタリではありますけれども。
今度はロンの妹さんが攫われるなんて大変、助けられたらいいんですけれども」

意を決したハリーとロンは、逃げようとするロックハートを連れて、嘆きのマートルのいる女子トイレへと向かう。
洗面台から地下へと降りる秘密の入り口を見つけたハリーはマートルから、

「ハリー。もし下で死んだら、私のトイレに歓迎するわ」

と気遣われつつ、残り二人と共に入り口から中へと入る。ところが、逃げようとするロックハートはロンの杖を奪い、ハリーとロンの記憶を消そうと呪文を唱える。
ところが、ロンの杖はあの時壊れたままだった。そのせいで記憶消去の呪文は術者であるロックハートに掛かってしまうのであった。
その後、地震が起こり、出口が封鎖されてしまう。ここで二手に分かれてロンは出口を探し、ハリーは先に進むことを選ぶ。

コットン
「ここに至って、ロックハートが生徒の記憶を消そうとしてて、本当に酷い。
だけど、杖が壊れてるのに気づかない所も、実力不足で自業自得だなぁ」

ヘビ模様の扉の先にある部屋に入ったハリーは、気を失ったジニーを見つける。そこに、日記の持ち主だったトム・リドルが現れる。
リドルはハリーがヴォルデモートを倒した秘密を知りたがる。なぜならば、リドルこそがヴォルデモートの若かりし姿だったのだ。
リドルのフルネーム「Tom Marvolo Riddle」を並び替えると、「I am Lord Voldemort（私はヴォルデモート卿）」となり、ヴォルデモートはリドルが考えだした名前であると、リドルは説明する。
リドルはヴォルデモートの学生時代の姿であり、50年前に秘密の部屋を開け、ハグリッドに罪をなすりつけた人物だったのである。更に、ここにい今いるリドルは、過去の存在を日記に封印したものだったことが明かされる。
そして今回の騒動は、ジニーを催眠状態にして秘密の部屋を開けさせることで、リドルが引き起こしたとハリーは知る。

真相を語ったトムは、大蛇バジリスクを呼び出し、ハリーを襲わせる。

ユズリハ
「過去の自分を日記に封じた存在……まるで、記録の葉の中の住人みたいだね。
これが今回最後の戦いになるだろうけれども、ハリー一人で大丈夫かしら？」

すでに一通り見て結果を知っているので、言葉を選びつつ見守っている。

「ハーマイオニーが石化して、手掛かり持ってそうなハグリッドは逮捕されて、校長先生は停職。そろそろ犯人に辿り着かないと、先に詰まされちゃいそうだねぇ」

「蜘蛛のアラゴグも犯人じゃなくて……こうなると一番怪しいのは、50年前に秘密の部屋が開いたって知ってるマルフォイのお父さんか。糾弾するには情報が足りなさそうだけど、まだ辿れる手掛かりって残ってたっけ」
 

「トム……一体何者なんだ」

ごん
「トムの勝ちデース思いだしたけど、多分全然関係ない

「それにしても、ハーマイオニーまで被害にあってしまうとは……
　ちゃんと解決できるかな？
　アトラクションで聞いた声とかシーンみるとどきっとするよね。
　逆もまたしかり」

ごん
「ハグリッド……
　うーん。なんか逮捕されちゃってるみたいだけど、
　なんかイメージとは違うというか、
　それ以前にどんな意図で襲われてるんだろう。。。」

「とりあえず、解決のために蜘蛛にあいにいって、
　危険な目にあいながらも、
　色々真実はみえてきた……んだろうけど
　まだまだ情報がたりないね。」

ごん
「もっと詳しい情報手に入れたいやつ。」

その後、生徒に本を投げられたと悲しむ幽霊……嘆きのマートルがいる女子トイレで、ハリーは日記を拾う。
日記はトム・マールヴォロ・リドルという学生のもので、書物はハリーを50年前の記憶へと連れていく。
その記憶の中で当時、秘密の部屋が開かれて生徒が殺された時、クモのアラゴグを飼っていたハグリッドは、トム・リドルによって犯人と糾弾されたのだった。
ハリーは、秘密の部屋を開けたのはハグリッドかもしれないと考えるようになる。そして襲撃は続き、何とハーマイオニーまでが石化した姿で発見されてしまう。

ラムネ
「あっ、USJのトイレでこの子の声聞いた」

ユズリハ
「そうそう、この幽霊の声が流れるようにしてあるのも、原作再現ですごく面白いよね。
まあ、落ち着いて済ませたい時には邪魔だけど」

ミミ
「それにしても、ハグリッドがやったとは思えないですけれども……ハーマイオニーが石化でリタイアだなんて。
死んでないから後で治るんでしょうけれども」

ハーマイオニーが犠牲になったことで意を決したハリーとロンは、ハグリッドの小屋を訪れて事情を聴こうとするが、突如ダンブルドア校長と、魔法省大臣がやってきたため、慌てて透明何とを被って隠れる。
そこへマルフォイの父がやってきて、理事会がダンブルドアに定職を命じたことを伝え、ハグリッドが秘密の部屋を開いた容疑で連行されていくことに。

連行される時に、周囲に気づかれないよう、
「もし何かを探している者がいるんなら、蜘蛛の後をついていけばいい」と二人に伝えるハグリッド。
一方、ダンブルドア校長も二人がいることに気づいており、退出時に、
「ホグワーツでは、助けを求めるものには、常に助けが与えられるだろう」
と口にして、困った時には頼ってくるようにと伝える。

コットン
「マルフォイのお父さんも現れたし、二人とも濡れ衣にしか見えないんだけど……
それにしても、蜘蛛の後を追いかけろってどういうことなのかな？」

ハグリッドの言葉を信じて、禁じられた森に入っていく多くの蜘蛛を追いかけていくハリーとロン。どうやらロンは蜘蛛が大の苦手らしく、ずっと怖がっている。
森の奥へと分け入った二人は、超巨大な蜘蛛・アラゴグと出会い、

・ハグリッドは50年前に秘密の部屋を開けていない
・アラゴグは少女を殺していない
・少女はトイレで殺された

と聞かされる。情報を得た二人が帰ろうとすると、

「行くだと？そうはいかない。私の息子や娘たちは、わしの命令でハグリッドには手を出さない。だが、わしたちのところに自分から迷い込んできた新鮮な肉を我慢することはできない。さらばじゃ、ハグリッドの友」

とアラゴグは告げる。すると我慢の限界だったロンは、

「もうパニクっていい？」

とハリーに訊ね、逃避行が始まるのだが……流石に暗い森の中では巨大蜘蛛から逃れるのは絶望的。
ところが、ここで暴れ柳から逃れた後、どこかに行って行方知れずになっていた空飛ぶ車が助けにやってくる。
車に乗り込み、どうにか脱出する二人であった。

ラムネ
「お城の中で空飛ぶ椅子に乗ってる時に行った森の蜘蛛」

ミミ
「暴れ柳もですけれども、あの蜘蛛たちもこのお話に出て来てたんですね。
それにしても、本当の犯人は何処にいるんでしょう？」

「主人公のライバル役って、もうちょっと、こう、見所のある子であって欲しいんだけどねぇ」

「ドビーは屋敷しもべ妖精って言ってたっけ。まさかハリーの叔父さん家の妖精なわけないし、屋敷の主人の使いで来てるんだよね。あんまり使い魔が要領悪いのは、使役してる主人の沽券に関わるんじゃ？うちの姉様くらい、勤勉に振る舞ってくれないかな」

「実はマルフォイはハリー達の変身を見破ってて、敢えて煙に巻いた……なんて展開になってくれると、ライバルとしての格が上がるんだけど。そうはならない気がする……」

「いいライバルになりそうっていうのを華麗に下に貫いていくマルフォイ」

ごん
「それにしても、ドビーは本当に味方なのかなぁ。。。
　心配してるっていうわりには肝心なことつたえてない。。。」

「回復魔法は便利すぎるからね。ナーフされてもしかたない。
　でも、スリザリンの後継って言われる割に、
　あんまりスリザリンから歓迎されてないよね。」

ごん
「目がかわらないのに違和感ある。
　そして、この大人を信用してない感。」

「どうして……
　それにしても、マルフォイが知ってるわけないじゃないって思った人何人いただろう。。。」

そして後日、グリフィンドールとスリザリンによるクィディッチの試合が開かれる。
ハリーとマルフォイはシーカーとして、激しくスニッチを奪い合う。その結果、ハリーが辛うじて競り勝ったのだが、腕を負傷してしまう。
医務室で夜を過ごすこととなったハリーは、再び先日効いたのと同じ声を耳にする。
更に、目の前に突然ドビーが現れる。ドビーはハリーの身を心配しており、ホグワーツを出るように忠告して消えてしまった。
ドビーが消えてた後、石にされた写真好きのコリンを、先生たちが連れて来る。ここでダンブルドア校長が、秘密の部屋が開かれたと考えていることをハリーは知ることとなる。

ラムネ
「流石に怪我させるまでやるのはやりすぎだと思う」

ミミ
「そういえば、ゲームとかと違って回復魔法で手早く治すってできないみたいですよね。
それが出来ると、入院シーンとか入れられなくなりますから、作劇の都合なんでしょうか？」

​​​​​​そんな事件があった後、生徒に身を守る方法を教えるため、頼りないロックハート先生が決闘クラブを開く。
ハリーとマルフォイが戦うことになり、マルフォイはヘビを出す。
ところが、ハリーは自分でも気づかないままに、ヘビにヘビ語で語りかける。その姿を見た生徒たちからは、ハリーがヘビをけしかけていると思われる。サラザール・スリザリンもヘビ語を話すことができたことから、スリザリンの後継者とハリーは疑われる。

ユズリハ
「自分で呼び出した蛇を手懐けられるとか、いい気味ではあるんだけれども、ますますハリーが疑われちゃうんだよね。
ここまで適性があるのに、スリザリンに組み分けされた無かったのが不思議。
性格は悪い部分も含めて、グリフィンドールらしくはあると思うけれども」

それから再び廊下で声を聞いたハリーは、ほとんど首無しニックと生徒が石化しているのを発見する。それを知ったマクゴナガル先生は、ハリーをダンブルドア校長の元に連れていく。
校長はハリーを疑っていないようだけれども……聞こえる声のことなどを、ハリーは現時点でダンブルドアには話さなかった。

コットン
「前作でも教師側にヴォルデモートの手先が居たから警戒する気持ちは分かるけど、こういう時には素直に話した方がいいと思うんだけどなぁ」

独自の調査を始めたハリーとロンは、スリザリンの後継者は純血の魔法使いに拘るマルフォイではないかと考える。
そしてハーマイオニーが煎じた、ポリジュース薬……他人に変身できる薬を飲んで、マルフォイの取り巻きである男子生徒、クラッブとゴイルに変身。マルフォイから秘密を聞き出そうと試みる。
ところが、マルフォイは50年前に秘密の部屋が開いたことを、父から聞いたことがあるだけだった。

ミミ
「マルフォイなら気づいて無さそうだし、嘘はついてないと思いますけれども……父親が出て来てるので、そっちが疑わしく思えてきますね」

「シーカーってことは、同じ役目のハリーと直接対決する機会があるってことだね。……殆どシーカーの勝負の結果で勝負が決まっちゃいそうな気がするけど、チーム対抗の競技なのに良いのかなぁ」

クィディッチのルールに疑問を抱いている。

「純血の魔法使いを重視するのはスリザリン寮の伝統なんだね。普通に暮らしてたハリーじゃ馴染めそうにないし、組み分けを嫌がって正解だったねぇ。魔法使い側からすれば、人間社会に飲み込まれない為の、魔法使いの社会に必要な価値観……なのかな？」

「有名税ってやつだね。」

ごん
「とはいえ、
　へたに突っかかってもいいことないと思うんだけど。。。
　あ、ドラコシーカーになったんだ。」

「ようやくライバルも舞台にあがってきた感じ？
　とはいえ、なんていうか、うん。
　ひどいというか小物感がすごい」

ごん
「小さいからしかたないともいえる。
　いじめっ子気質。。。」

「しかし、秘密の部屋か……
　純血でないといけないあたりスリザリンって感じある」

ごん
「でも、それでハリー疑うのは…うーん？
　って感じある。」

「魔法省が総力を挙げてもどうにかできなかったヴォルデモートを幼子の頃だけでなく、最近も撃退したんだものね。
親の加護があったとはいえ、有名人になるのは仕方ないよ。そうなると嫌な人に絡まれるのも面倒だよねぇ」

ピクシー騒動から後日、クィディッチの練習に向かうハリーたちの前に、スリザリン寮のチームが現れる。
そこでドラコがスリザリン寮の新しいシーカーになったことをハリーは知ることとなる。
ドラコはダイアゴン横町の本屋の時と同じように、両親がマグルのハーマイオニーのことを「穢れた血」と酒ズム。
そんなドラコに対し、怒ったロンがナメクジの魔法をかけようとするのだが……失敗して自分に魔法がかかってしまい、口から何度もナメクジを吐き出すようになってしまう。
ドラコの言葉に落ち込むハーマイオニーを、ハグリッドが慰める。

ラムネ
「どうしようもなく悪い子」

ミミ
「きちんと天罰が下って欲しいですよね。ですけれども、憎まれっ子世に憚ると言いますし、シリーズ最後の方まで生き残るんでしょうねぇ」

その後、ハリーはどこからか囁く声を聴き、声の主が動いているのを感じる。感じるがままに進んだ先の廊下の壁には、
「秘密の部屋が開かれた」と血で書かれており、フィルチ先生の猫が石化して下げられていた。
証拠はなかったので罰せられることはなかったが、フィルチ先生やスネイプ先生は、ハリーが犯人ではないかと疑う。

コットン
「猫ちゃんかわいそう。それにしても、血文字だなんて物騒な……これもまた、ヴォルデモートの残党がやってる事なのかしら？」

その一件があった後、マクゴナガル先生は生徒たちに、秘密の部屋について話す。
秘密の部屋は、ホグワーツ魔法魔術学校の創設者の1人サラザール・スリザリンが学校を追放された時に作ったものだそうで、後継者が現れると封印が解け、スリザリンが望む通りに純血の魔法使い以外を追放すると言い伝えられている部屋だという。

ユズリハ
「スリザリン寮にドラコが入ったのも納得という感じだけど、追放された人の名前を寮に付けたままなのは、創設者の一人だったとしても駄目だと思うんだけどなぁ」

「人の社会からは距離を置きつつ、戦いの度に大きく数が減る……魔法使いの社会を維持するだけでも大変そうだねぇ。今回の戦いの要になりそうなハリーを何かと優遇するのも、そうせざるを得ないってことかな」

「暴れ柳、元のお話でもあんな危険な樹だったんだ。魔法使いの修行の為に植えられてたりするのかな？」

「うーん……失敗するのはまだいいけど、後始末を生徒に押し付けて逃げるのはダメだよ……」