その後、生徒に本を投げられたと悲しむ幽霊……嘆きのマートルがいる女子トイレで、ハリーは日記を拾う。
日記はトム・マールヴォロ・リドルという学生のもので、書物はハリーを50年前の記憶へと連れていく。
その記憶の中で当時、秘密の部屋が開かれて生徒が殺された時、クモのアラゴグを飼っていたハグリッドは、トム・リドルによって犯人と糾弾されたのだった。
ハリーは、秘密の部屋を開けたのはハグリッドかもしれないと考えるようになる。そして襲撃は続き、何とハーマイオニーまでが石化した姿で発見されてしまう。

ラムネ
「あっ、USJのトイレでこの子の声聞いた」

ユズリハ
「そうそう、この幽霊の声が流れるようにしてあるのも、原作再現ですごく面白いよね。
まあ、落ち着いて済ませたい時には邪魔だけど」

ミミ
「それにしても、ハグリッドがやったとは思えないですけれども……ハーマイオニーが石化でリタイアだなんて。
死んでないから後で治るんでしょうけれども」

ハーマイオニーが犠牲になったことで意を決したハリーとロンは、ハグリッドの小屋を訪れて事情を聴こうとするが、突如ダンブルドア校長と、魔法省大臣がやってきたため、慌てて透明何とを被って隠れる。
そこへマルフォイの父がやってきて、理事会がダンブルドアに定職を命じたことを伝え、ハグリッドが秘密の部屋を開いた容疑で連行されていくことに。

連行される時に、周囲に気づかれないよう、
「もし何かを探している者がいるんなら、蜘蛛の後をついていけばいい」と二人に伝えるハグリッド。
一方、ダンブルドア校長も二人がいることに気づいており、退出時に、
「ホグワーツでは、助けを求めるものには、常に助けが与えられるだろう」
と口にして、困った時には頼ってくるようにと伝える。

コットン
「マルフォイのお父さんも現れたし、二人とも濡れ衣にしか見えないんだけど……
それにしても、蜘蛛の後を追いかけろってどういうことなのかな？」

ハグリッドの言葉を信じて、禁じられた森に入っていく多くの蜘蛛を追いかけていくハリーとロン。どうやらロンは蜘蛛が大の苦手らしく、ずっと怖がっている。
森の奥へと分け入った二人は、超巨大な蜘蛛・アラゴグと出会い、

・ハグリッドは50年前に秘密の部屋を開けていない
・アラゴグは少女を殺していない
・少女はトイレで殺された

と聞かされる。情報を得た二人が帰ろうとすると、

「行くだと？そうはいかない。私の息子や娘たちは、わしの命令でハグリッドには手を出さない。だが、わしたちのところに自分から迷い込んできた新鮮な肉を我慢することはできない。さらばじゃ、ハグリッドの友」

とアラゴグは告げる。すると我慢の限界だったロンは、

「もうパニクっていい？」

とハリーに訊ね、逃避行が始まるのだが……流石に暗い森の中では巨大蜘蛛から逃れるのは絶望的。
ところが、ここで暴れ柳から逃れた後、どこかに行って行方知れずになっていた空飛ぶ車が助けにやってくる。
車に乗り込み、どうにか脱出する二人であった。

ラムネ
「お城の中で空飛ぶ椅子に乗ってる時に行った森の蜘蛛」

ミミ
「暴れ柳もですけれども、あの蜘蛛たちもこのお話に出て来てたんですね。
それにしても、本当の犯人は何処にいるんでしょう？」

「主人公のライバル役って、もうちょっと、こう、見所のある子であって欲しいんだけどねぇ」

「ドビーは屋敷しもべ妖精って言ってたっけ。まさかハリーの叔父さん家の妖精なわけないし、屋敷の主人の使いで来てるんだよね。あんまり使い魔が要領悪いのは、使役してる主人の沽券に関わるんじゃ？うちの姉様くらい、勤勉に振る舞ってくれないかな」

「実はマルフォイはハリー達の変身を見破ってて、敢えて煙に巻いた……なんて展開になってくれると、ライバルとしての格が上がるんだけど。そうはならない気がする……」

「いいライバルになりそうっていうのを華麗に下に貫いていくマルフォイ」

ごん
「それにしても、ドビーは本当に味方なのかなぁ。。。
　心配してるっていうわりには肝心なことつたえてない。。。」

「回復魔法は便利すぎるからね。ナーフされてもしかたない。
　でも、スリザリンの後継って言われる割に、
　あんまりスリザリンから歓迎されてないよね。」

ごん
「目がかわらないのに違和感ある。
　そして、この大人を信用してない感。」

「どうして……
　それにしても、マルフォイが知ってるわけないじゃないって思った人何人いただろう。。。」

そして後日、グリフィンドールとスリザリンによるクィディッチの試合が開かれる。
ハリーとマルフォイはシーカーとして、激しくスニッチを奪い合う。その結果、ハリーが辛うじて競り勝ったのだが、腕を負傷してしまう。
医務室で夜を過ごすこととなったハリーは、再び先日効いたのと同じ声を耳にする。
更に、目の前に突然ドビーが現れる。ドビーはハリーの身を心配しており、ホグワーツを出るように忠告して消えてしまった。
ドビーが消えてた後、石にされた写真好きのコリンを、先生たちが連れて来る。ここでダンブルドア校長が、秘密の部屋が開かれたと考えていることをハリーは知ることとなる。

ラムネ
「流石に怪我させるまでやるのはやりすぎだと思う」

ミミ
「そういえば、ゲームとかと違って回復魔法で手早く治すってできないみたいですよね。
それが出来ると、入院シーンとか入れられなくなりますから、作劇の都合なんでしょうか？」

​​​​​​そんな事件があった後、生徒に身を守る方法を教えるため、頼りないロックハート先生が決闘クラブを開く。
ハリーとマルフォイが戦うことになり、マルフォイはヘビを出す。
ところが、ハリーは自分でも気づかないままに、ヘビにヘビ語で語りかける。その姿を見た生徒たちからは、ハリーがヘビをけしかけていると思われる。サラザール・スリザリンもヘビ語を話すことができたことから、スリザリンの後継者とハリーは疑われる。

ユズリハ
「自分で呼び出した蛇を手懐けられるとか、いい気味ではあるんだけれども、ますますハリーが疑われちゃうんだよね。
ここまで適性があるのに、スリザリンに組み分けされた無かったのが不思議。
性格は悪い部分も含めて、グリフィンドールらしくはあると思うけれども」

それから再び廊下で声を聞いたハリーは、ほとんど首無しニックと生徒が石化しているのを発見する。それを知ったマクゴナガル先生は、ハリーをダンブルドア校長の元に連れていく。
校長はハリーを疑っていないようだけれども……聞こえる声のことなどを、ハリーは現時点でダンブルドアには話さなかった。

コットン
「前作でも教師側にヴォルデモートの手先が居たから警戒する気持ちは分かるけど、こういう時には素直に話した方がいいと思うんだけどなぁ」

独自の調査を始めたハリーとロンは、スリザリンの後継者は純血の魔法使いに拘るマルフォイではないかと考える。
そしてハーマイオニーが煎じた、ポリジュース薬……他人に変身できる薬を飲んで、マルフォイの取り巻きである男子生徒、クラッブとゴイルに変身。マルフォイから秘密を聞き出そうと試みる。
ところが、マルフォイは50年前に秘密の部屋が開いたことを、父から聞いたことがあるだけだった。

ミミ
「マルフォイなら気づいて無さそうだし、嘘はついてないと思いますけれども……父親が出て来てるので、そっちが疑わしく思えてきますね」

「シーカーってことは、同じ役目のハリーと直接対決する機会があるってことだね。……殆どシーカーの勝負の結果で勝負が決まっちゃいそうな気がするけど、チーム対抗の競技なのに良いのかなぁ」

クィディッチのルールに疑問を抱いている。

「純血の魔法使いを重視するのはスリザリン寮の伝統なんだね。普通に暮らしてたハリーじゃ馴染めそうにないし、組み分けを嫌がって正解だったねぇ。魔法使い側からすれば、人間社会に飲み込まれない為の、魔法使いの社会に必要な価値観……なのかな？」

「有名税ってやつだね。」

ごん
「とはいえ、
　へたに突っかかってもいいことないと思うんだけど。。。
　あ、ドラコシーカーになったんだ。」

「ようやくライバルも舞台にあがってきた感じ？
　とはいえ、なんていうか、うん。
　ひどいというか小物感がすごい」

ごん
「小さいからしかたないともいえる。
　いじめっ子気質。。。」

「しかし、秘密の部屋か……
　純血でないといけないあたりスリザリンって感じある」

ごん
「でも、それでハリー疑うのは…うーん？
　って感じある。」

「魔法省が総力を挙げてもどうにかできなかったヴォルデモートを幼子の頃だけでなく、最近も撃退したんだものね。
親の加護があったとはいえ、有名人になるのは仕方ないよ。そうなると嫌な人に絡まれるのも面倒だよねぇ」

ピクシー騒動から後日、クィディッチの練習に向かうハリーたちの前に、スリザリン寮のチームが現れる。
そこでドラコがスリザリン寮の新しいシーカーになったことをハリーは知ることとなる。
ドラコはダイアゴン横町の本屋の時と同じように、両親がマグルのハーマイオニーのことを「穢れた血」と酒ズム。
そんなドラコに対し、怒ったロンがナメクジの魔法をかけようとするのだが……失敗して自分に魔法がかかってしまい、口から何度もナメクジを吐き出すようになってしまう。
ドラコの言葉に落ち込むハーマイオニーを、ハグリッドが慰める。

ラムネ
「どうしようもなく悪い子」

ミミ
「きちんと天罰が下って欲しいですよね。ですけれども、憎まれっ子世に憚ると言いますし、シリーズ最後の方まで生き残るんでしょうねぇ」

その後、ハリーはどこからか囁く声を聴き、声の主が動いているのを感じる。感じるがままに進んだ先の廊下の壁には、
「秘密の部屋が開かれた」と血で書かれており、フィルチ先生の猫が石化して下げられていた。
証拠はなかったので罰せられることはなかったが、フィルチ先生やスネイプ先生は、ハリーが犯人ではないかと疑う。

コットン
「猫ちゃんかわいそう。それにしても、血文字だなんて物騒な……これもまた、ヴォルデモートの残党がやってる事なのかしら？」

その一件があった後、マクゴナガル先生は生徒たちに、秘密の部屋について話す。
秘密の部屋は、ホグワーツ魔法魔術学校の創設者の1人サラザール・スリザリンが学校を追放された時に作ったものだそうで、後継者が現れると封印が解け、スリザリンが望む通りに純血の魔法使い以外を追放すると言い伝えられている部屋だという。

ユズリハ
「スリザリン寮にドラコが入ったのも納得という感じだけど、追放された人の名前を寮に付けたままなのは、創設者の一人だったとしても駄目だと思うんだけどなぁ」

「人の社会からは距離を置きつつ、戦いの度に大きく数が減る……魔法使いの社会を維持するだけでも大変そうだねぇ。今回の戦いの要になりそうなハリーを何かと優遇するのも、そうせざるを得ないってことかな」

「暴れ柳、元のお話でもあんな危険な樹だったんだ。魔法使いの修行の為に植えられてたりするのかな？」

「うーん……失敗するのはまだいいけど、後始末を生徒に押し付けて逃げるのはダメだよ……」

「たまにうまくやる人もいるんだけどね」

ごん
「この辺りはバランス感覚の問題になりそう……
　それにしても、既得権益層はずるい感じある」

「正しい方向に向かえばすごいんだけどね。
　受け継いだ力の強さは本物だし。
　しかし車免許なしで大丈夫かなってなる。」

ごん
「案の定事故ってるし……
　杖も折れちゃって大丈夫かな？」

「後々大変なことにならなきゃいいけど。
　しかし、うん。なんていうか口だけ感がすごい」

ごん
「本当に高名な冒険者だとは思えない。。。」

「人は自分に無い力を恐れるからね。大体、昔から英雄譚の末路って、既得権益を持ってるのにやるべきことが出来てなかった相手どころか、助けたはずの民衆に追放されたり殺されたり……その前に自らどこかへ消えるか、っていうのが相場だし。
ホント、人間社会って難しい」

コットン
「ヴォルデモートみたいな、悪い魔法使いはこれまでに何度も現れてるでしょうし、そういうのと戦ってたら、魔法使い人口は何度も激減してたりしそうだし。新たに覚醒する魔法使いを育てるのは大切な事なんだろうなぁ。
それを認めたくない名家……既得権益層が悪さしてるのは、マグルでも魔法使いでも一緒って感じ？」

と、ため息をついたり。

ダイアゴン横町出の買い物を済ませた後、ホグワーツへと向かうことにしたハリーとロンは、前作と同じようにキングス・クロス駅の９と３／４番ホームへと向かう。ところが、例の柱を抜けてホームへと向かおうとしても、何故か通り抜けることができない。
かくして、仕方なく2人は空飛ぶ車（車種はフォード・アングリア）に乗ってホグワーツへ向かうこととなる。

汽車の線路の上を走る空飛ぶ車であったが、暫くして汽車の走る音を二人は耳にする。
やっと列車に追いついたのかと安心していた二人だったが……実際には、二人が乗った空飛ぶ車のすぐ後ろに列車は迫っていた。
慌ててロンが思い切り左にハンドルを切ると、ドアが開いてハリーが落ちそうになる。

ラムネ
「危ない。後ろからぶつけられたら駄目だった…あっ」

辛くも難を逃れたと思っていたハリーとロンだったが、車が不時着してしまったのは、ホグワーツの庭に生えている、巨大な暴れ柳の上であった。

ミミ
「あっ、USJのお城でライドに乗った時に見た奴ですね。あの時は空飛ぶ椅子が水平より下に傾いた状態で、近くをかすめるように太い枝が迫って来て驚きましたけれども」

暴れ柳という名前の通り、不時着した空飛ぶ車に、容赦なく大きな鈍器と言って差し支えない太い枝を振り回して襲い掛かる。必死に暴れ柳の猛攻をしのごうとしている間に、ロンが使っている魔法の杖が折れてしまい、大ピンチに。
辛うじて逃れることができたものの、空飛ぶ車は2人と荷物を車の外へと追い出し、禁じられた森へと消えて去ってしまう。
かくして、2人は先生達から車で空を飛んでいたことを叱られてしまう。

かくして、どうにか新学期を迎えることができたのだが、前作でヴォルデモートに取り憑かれていたクィレル先生に代わり、”闇の魔術からの防衛術”を教えることになったのは、あのギルデロイ・ロックハートであった。


ロックハートは、授業で群青色の小さな妖精であるピクシーを教室で自由にして、生徒たちに捕まえさせようとする。
ピクシーはネビル・ロングボトムを天井の燭台からぶら下げるなど、やりたい放題の無法を働き始める。
ロックハートは魔法でピクシーをおとなしくさせようとするのだが、杖をピクシーに取られてしまい、うまくいかない。
何と混乱を収拾できなくなったロックハートは、「ピクシーをカゴに戻しておきなさい」と言い放ち、生徒達を残して教室を出ていってしまう。
悪戦苦闘する生徒達であったが、ここでハーマイオニーが「イモビラス」の魔法を唱えることで、ピクシーの動きが止まり、ようやく混乱は収まる。

ユズリハ
「ホント、どこから突っ込めばいいのか困っちゃうぐらい、みっともないよね」

コットン
「口は達者で知識はあるのかもしれないけど、著作と肩書からは信じられないぐらい、魔法は駄目なんじゃないかなこの人？
あっさりと闇の手先がホグワーツに入ってきそうで心配」
 

「こっちの世界にも魔女狩りの歴史があるんだねぇ。迫害を受けた魔法使い達は秘境に逃れ、自分たちの力や存在を秘匿するようになって……すぐに解決できるような話でもなさそう」

「ハリーも親が魔法使いなんだし、魔法の力は遺伝で受け継がれるものなんだよね。でも魔法使いの子供だけでなく、人の世界に新しく生まれた子も学園に呼ぶってことは……今いる魔法使いの数が少なすぎるってこと？だとしたら、新人をいびる余裕なんてなさそうだけど」

「物語の広がりとしておいしい……
　やはり魔女狩りの影響が大きいんだろうなぁ。。。
　もうちょっと寄り添えるようになったら平和なのにね」

ごん
「いつかそういう日が来ると信じたい。
　それにしても、
　ハリーは魔法世界にまだまだなれてない感じあるね。」

「そうだねぇ。
　初歩的な失敗してるし、
　だからこそ魔法と縁のない人でも世界に入り込みやすさある。
　そして、なんだろう。　
　胡散臭いどころか、疑わしさ爆発してるの。」

ごん
「ロックハートは有名だけど、
　本当にすごい人なのかなぁ……？
　あ、完全に悪役って感じ」

「典型的すぎぃ。
　この親にしてこの子ありって感じ。」